ביום 6.9.2011 ניתן פסק-הדין של ועדת-הערר שליד בית-המשפט המחוזי בתל-אביב בעניין קופת חולים כללית נ' מנהל מיסוי מקרקעין ת"א.
באותן נסיבות, היו בידי העוררת, קופת חולים כללית, מוסד ציבורי, מלוא זכויות הבעלות בנכס מקרקעין בשטח של כ-5000 מ"ר הנמצא ברחוב ארלוזרוב פינת רמז בת"א.
נכס זה חולק במסגרת תוכנית בניין עיר לשני מגרשים, אשר על אחד מהם בנוי מבנה ההנהלה של העוררת והשני, אשר שימש כמגרש חניה מקורה, ואשר היה מיועד לבניית מגדל מגורים בן 31 קומות.
העוררת התקשרה עם קבוצת רוכשים בהסכם מכר, במסגרתו מכרה את עיקר זכויותיה במגרש השני לשם בניית המגדל. במסגרת הסכם זה נקבע כי מעבר לתמורה הכספית בגין מכירת הזכויות, התחייבו הרוכשים להקים על חשבונם חניון בן שבע קומות, שבו יוקצו לעוררת 150 מקומות חניה וחלק יחסי במגדל.
העוררת דיווחה על עסקת המכר וביקשה פטור חלקי ממס שבח, בכפוף לכך שתבקש לקבל פטור מלא ממס שבח וממס מכירה בהתאם להוראות סעיף 61(ב)(1) לחוק מיסוי מקרקעין, אם יתקבל ערעור שהוגש על ידה בע"א 9946/06 קופת חולים כללית נ' מנהל מס שבח ת"א (ערעור אשר התקבל על ידי בית המשפט העליון ביום 25.6.2008).
מנהל מיסוי מקרקעין סירב להתיר בניכוי חלק מן הסכומים שדרשה העוררת והגדיל את שווי המכירה, ובמסגרת החלטתו בהשגה, עדכן את שווי המכירה והתיר לעוררת לנכות סכומים מסויימים מן השבח. בהחלטתו ציין מנהל מיסוי מקרקעין כי לא השתכנע כי מגרש החניה שנמכר שימש במישרין את העוררת במשך תקופה של 80% מתקופת ההחזקה בנכס, וכי בהתאם העוררת אינה זכאית לפטור מלא ממס שבח וממס מכירה.
על החלטתו זו הוגש ערר לועדת הערר שליד בית המשפט המחוזי בתל אביב, אשר קבעה כי העוררת זכאית לפטוֹר ממס שבח/מכירה בגין מכירת מגרש החנייה הסמוך למבנה ההנהלה של העוררת, זאת, לאור התקיימותם של התנאים הנדרשים לפטוֹר (שימוש במישרין ותקופת החזקה) וכמתחייב מפסק-הדין של בית-המשפט העליון בע"א 9946/06 קופת חולים כללית נ' מנהל מיסוי מקרקעין ת"א (אשר קבע בהחלטה תקדימית כי אם עשה המוסד הציבורי שימוש במישרין במקרקעין (ולא בהכרח בזכות הנמכרת), הרי שיחולו הוראות סעיף 61(ב)(1) לחוק מיסוי מקרקעין, אשר פוטרות את המוסד הציבורי מתשלום מס שבח ומס מכירה, גם על מכירת הזכות במקרקעין, ולאו דווקא על מכירת המקרקעין בלבד) .
על פסק דין זה, הגיש מנהל מיסוי מקרקעין אזור ת"א ערעור לבית-המשפט העליון, אך לאור המלצתו של בית-המשפט חזר בו המנהל מהערעור והוא נדחה ללא צו להוצאות בימים אלה.
אין ספק כי פסיקה זו אשר קובעת כי מוסד ציבורי המוכר זכויות בניה במקרקעין מבלי שחדל להשתמש במקרקעין, יהא פטור ממס שבח וממס מכירה בהתאם להוראות סעיף 61(ב)(1) לחוק מיסוי מקרקעין, בדיוק כשם שמוסד ציבורי המוכר מקרקעין ששימשו אותו במישרין עם כל הזכויות במקרקעין האמורים, יהא פטור ממס שבח וממס מכירה, הינה בעלת חשיבות רבה וחותרת לא רק להרמוניה בין דיני המס ודיני המקרקעין, אלא אף מתמקדת במהות הכלכלית של העסקה במקום בצורה שבחרו לה הצדדים.
