הצעת החוק גם מפרידה בין מוסד הרבנות לבין מערכת בתי הדין שהיא גוף שיפוטי עצמאי. על פי ההצעה, נשיא בית הדין הרבני הגדול והמשנה לנשיא יתמנו מקרב דייני בית הדין הרבני הגדול, בדומה לתפקיד נשיא בית המשפט העליון והמשנה לו. זאת, משום שנראה כי המצב הקיים, שבו הנשיא ממלא תפקיד ציבורי רחב יריעה, אינו עולה בקנה אחד עם התפיסה של ייחוד הכהונה של נושא משרה שיפוטית