(א) לחשוף עבירות, לגלות עבריינים, לאסוף ראיות ולהביא את החשודים לדין.
(ב) לתאם ולשלב בין הכוחות החקירתיים והמודיעיניים במשטרת ישראל בפעילות כנגד תופעות פשיעה ויעדים של המשטרה בארץ ומחוץ לה.
(ג) לתאם פעולות חקירה בין משטרת ישראל לבין גורמים אחרים בארץ ומחוץ לה ולתת עזרה משפטית למשטרות זרות.
(ד) לטפל ביעדים של המשטרה הקשורים לארגוני פשע או לפשיעה מאורגנת וביעדים הקשורים לעבירות סמים ולעבירות חמורות אחרות, שפעילותם היא כלל–ארצית או בינלאומית.
(ה) להפעיל את היחידות הארציות שבאגף ולבצע חקירות בנושאים שבתחום אחריותן.
(ו) לפתח ולהפעיל אמצעי עזר מדעיים וטכנולוגיים לצורך איסוף ראיות ומתן חוות דעת מקצועית.
(ז) לסייע במציאת פתרונות בתחום המידע הפורנזי למשטרת ישראל ולגורמים מחוץ למשטרה.
(ח) לפתח, לגבש ולהטמיע תורת הפעלה בקרב השוטרים בתחומי הפעילות של האגף.
(ט) להכשיר, להדריך ולהנחות את שוטרי מערך החקירות והמודיעין, ובכלל זה את השוטרים המטפלים בנפגעי עבירות פליליות ובעבריינות נוער, את שוטרי הזיהוי הפלילי, התביעה הפלילית והבילוש במשטרת ישראל, ולפקח על פעילותם - וזאת כדי להבטיח שעבודת המשטרה תתבצע על פי החוק, הפסיקה ומדיניות המשטרה.
(י) לגבש ולהציג תמונת מצב מודיעינית עדכנית למקבלי החלטות במשטרת ישראל, לבצע הערכת מודיעין ולערוך מחקר מודיעיני בנושאים האלה: לחימה בפשיעה, סדר ציבורי, וביטחון הפנים.
(יא) לבצע הערכות מצב בנושאים אשר בתחום טיפולו של האגף, בשגרה, באירועים מיוחדים ולפי הצורך.
(יב) להכין ולהציג תוצרי מודיעין כגון נתונים וסקירות בפני פורומים שונים.
(יג) לקיים קשרי שיתוף פעולה עם גורמי קהיליית המודיעין ועם שירות בתי הסוהר, המכס ומס הכנסה.
(יד) לשמש גורם האחראי ברמת המטה לתפעול מערך ביטחון המידע במשטרת ישראל.
(טו) במסגרת יחידת הקניין הרוחני - לחשוף ולחקור עבירות שעניינן הפרת זכויות קניין רוחני לסוגיו השונים ולגלות את העבריינים.
(טז) במסגרת היחידה הארצית לחקירות הסוהרים - לחקור סוהרים החשודים בביצוע עבירות פליליות.