בתשובתו לעתירת התנועה לאיכות השלטון טען ברק כי קיים חשד מוצק לביצוע עבירות פליליות על ידי הרמטכ"ל לשעבר גבי אשכנזי וראש לשכתו. אשכנזי: "בדיקת מבקר המדינה מיצתה את העיסוק בפרשה"
שר הביטחון לשעבר אהוד ברק והרמטכ"ל לשעבר גבי אשכנזי הגישו את תגובתם לעתירות של התנועה לאיכות השלטון ותנועת אומ"ץ, המבקשות מבית המשפט להורות על פתיחת חקירה פלילית בפרשת הרפז. אך בעוד שלשיטתו של ברק חומר הראיות שנאסף על ידי המבקר המדינה מעלה חשד ברור לביצוע עבירות פליליות באופן החותר תחת נורמות היסוד של המשטר הדמוקרטי, אשכנזי טען כי עיקרה של הפרשה הוא בהיבטים הציבוריים שלה ואין מקום להרחיב את החקירה שכבר נפתחה בפרשה.
הפרשה החלה בחשיפת מסמך שכונה תחילה מסמך גלנט, ובו הנחיות לבניית תדמית חיובית למועמד לתפקיד הרמטכ"ל יואב גלנט והכפשת מועמדים אחרים. לאחר שנוצרה סערה ציבורית סביב המסמך התברר כי הוא זויף על ידי בועז הרפז. היועץ המשפטי לממשלה יהודה וינשטיין החליט, לאחר עיון בדו"ח מבקר המדינה שבדק את הפרשה, כי אין לפתוח בחקירה פלילית של הפרשה ויש להסתפק בחקירת מצ"ח. התנועה לאיכות השלטון ותנועת אומ"ץ הגישו עתירה לבג"צ כנגד החלטה זו.
בתשובתו לעתירה טען ברק כי הראיות שאסף מבקר המדינה לשעבר מיכה לינדנשטראוס במסגרת חקירת הפרשה מעלות חשד מוצק וברור לביצוע עבירות פליליות על ידי אשכנזי וראש לשכתו, אל"מ ארז וינר. ברק סבור כי "מכתב הרפז מהווה עדות מטלטלת, שספק אם נשמעה כמותה אי פעם בעבר, בהקשר של נושא תפקיד כה מרכזי ובכיר במערכת הביטחון, דוגמת הרמטכ"ל לשעבר אשכנזי וסביבתו האישית. האינטרס הציבורי מחייב כי עדות דרמטית זו תיחקר עד תום. ההימנעות מלחקור את הטענות שהועלו עלולה להתפרש כהשלמה עם נורמות התנהגות פסולות ואף עברייניות, אשר מדינת ישראל אינה צריכה ואינה יכולה להשלים עמן". על כן טוען ברק כי "חומרת הטענות העולות במכתב הרפז ומשמעותן לשלטון החוק וליסודות הדמוקרטיה, אינן מאפשרות להסתפק לצורך ההתמודדות עמן, במסגרת 'הרחבה אפשרית בעתיד' של חקירה צבאית מוגבלת. טענות אלה חייבות להיחקר במלוא הכלים העומדים לרשות המדינה, קרי: חקירה פלילית מלאה".
גבי אשכנזי כתב בתשובתו כי יש לדחות את העתירה ואין מקום להרחיב את החקירה הפלילית שנפתחה בפרשת הרפז. אשכנזי סבור כי "מרכז הכובד בפרשה הוא בהיבטים הציבוריים שלה, ואלה נבחנו על ידי מבקר המדינה והוצא דו"ח ביקורת בעניין". אשכנזי ציין כי מבקר המדינה "ערך בדיקה מקיפה ביותר במשך למעלה משנתיים, שכללה מאות עדים, אלפי מסמכים ועשרות אלפי שעות הקלטה של כל הטלפונים בלשכת הרמטכ"ל. בתום בדיקה זו, הוצא דו"ח ביקורת שעיקרו בהיבטים הציבוריים של הפרשה. בדיקת מבקר המדינה והחקירה בעניין זיוף המסמך מיצו את העיסוק בפרשת הרפז, ובנסיבות העניין לא היה מקום להמשך חקירה כלשהי".
