ועדת המשנה לוועדת ביקורת המדינה התירה לפרסם תמצית קצרה של חוות הדעת, שהצביעה על ליקויים משמעותיים בפיקוח על העבודות ונזק לממצאים ארכיאולוגיים, כדי למנוע פגיעה בביטחון ישראל וביחסי החוץ שלה. ביהמ"ש: "ההחלטה סבירה ומידתית"
בג"צ דחה את עתירתה של תנועת נאמני הר הבית בישראל להורות על פרסום חוות דעתו המלאה של מבקר המדינה בנושא חפירות הווקף בהר הבית. זאת, לאור ההחלטה להתיר פרסום תמצית חוות הדעת בלבד, שממנה עלה, בין היתר, כי נמצאו "ליקויים משמעותיים" בפיקוח על העבודות, שבוצעו תוך פגיעה בממצאים ארכיאולוגיים ומבלי שהתקבלו אישורים כנדרש. בית המשפט קבע כי החלטת ועדת המשנה לוועדת ביקורת המדינה להתיר פרסום תמצית בלבד היתה סבירה ומידתית, ואיזנה באופן ראוי בין זכות הציבור לדעת ובין שיקולי חוץ וביטחון המדינה.
בשלהי שנת 2007 קיימה ועדת הכנסת לענייני ביקורת המדינה דיון בנושא חפירות הווקף בהר הבית, במהלכו החליטה הוועדה לבקש ממבקר המדינה להכין חוות דעת בסוגיה זו. עם השלמת חוות הדעת ולאור הרגישות הרבה בנושא, פנה מבקר המדינה לוועדת המשנה לוועדה לביקורת המדינה, וביקש לקיים דיון בשאלה האם להניח את חוות הדעת על שולחן הכנסת ולהתיר את פרסומה לפי סעיף 17(א) לחוק מבקר המדינה. ועדת המשנה קיימה שלושה דיונים בעניין, ובסופם הביעו רוב המשתתפים, למעט נציגי השב"כ, את התנגדותם לפרסום מטעמים של שמירה על ביטחון המדינה ומניעת פגיעה ביחסי החוץ שלה. לבסוף, הוחלט בוועדה לא לפרסם את חוות הדעת המלאה ובמקום זאת לפרסם רק מבוא ותמצית.
תנועת נאמני הר הבית בישראל עתרה נגד ההחלטה וטענה כי באיזון בין זכות הציבור לדעת ושמירה על ביטחון המדינה ויחסי החוץ שלה, ראוי כי זכותו של הציבור תיסוג רק מקום בו קיים חשש ממשי ברמה של "ודאות קרובה" לפגיעה קשה בביטחון המדינה, שלא התקיים במקרה זה, נוכח עמדת השב"כ לפיה אין מניעה ביטחונית לפרסם את חוות הדעת. עוד נטען כי החיסיון הגורף שהוטל על חוות הדעת אינו מידתי, ונבע ממניעים פוליטיים שנועדו להסתיר את מחדלי הרשויות.
השופט יורם דנציגר דחה את העתירה וקבע כי אף שבשיטת המשפט הישראלית קיימת זכות למידע אודות פעולתן של רשויות השלטון, שכנגדה ניצבת חובתן של הרשויות לפעול בשקיפות, רשאית ועדת המשנה של הוועדה לביקורת המדינה להחליט כי דו"ח או חוות דעת של המבקר לא יפורסמו אם הדבר דרוש לשמירה על ביטחון המדינה או כדי למנוע פגיעה ביחסי החוץ או קשרי המסחר שלה.
השופט דנציגר קיבל את עמדת תנועת נאמני הר בית לפיה בהתנגשות בין זכות חוקתית לבין אינטרס ציבורי, גובר האינטרס הציבורי במקום בו קיימת "וודאות קרובה" לפגיעה ממשית באותו אינטרס. עם זאת, השופט ציין כי החלטת הוועדה שלא לפרסם את חוות הדעת היתה סבירה ומידתית. ההחלטה שהתקבלה לאחר התייעצות עם כל הגופים הנוגעים לדבר, התבססה על החשש שהובע על ידי משרדי הממשלה הרלוונטיים כי פרסומה יביא לפגיעה בביטחון המדינה וביחסי החוץ שלה, לאור הרגישות הנוגעת לעניינים הקשורים להר הבית.
בשולי הדברים העיר השופט דנציגר כי אין בעובדה שעמדת השב"כ הייתה שונה כדי לשנות ממסקנה זו, מאחר שמי שנושא באחריות הכוללת לסדר הציבורי היא משטרת ישראל, ומאחר שעמדת השב"כ לא עסקה בהשלכות האפשריות של הפרסום על יחסי החוץ של ישראל.
השופט הדגיש כי החלטת הוועדה לפרסם תמצית קצרה בלבד של חוות הדעת הגנה על זכות הציבור לדעת ולא הושפעה מהחשש מפני ביקורת ציבורית. עוד נקבע כי ההחלטה התקבלה בהליך ראוי מבחינה פרוצדורלית והתבססה על שיקולים ענייניים בלבד, באופן שאינו מקים עילה להתערבות בית המשפט.
