תפקידי רשות הנחל הם לתכנן ולבצע את הפעולות המפורטות בסעיף 3(א) לחוק, למעט האמור בפסקה (6) בו; הפעולות האמורות בפסקה (2) בו יבוצעו בתיאום עם רשויות הניקוז הקיימות ובכפוף לאמור בסעיפים 5(1) ו-7(2) לצו זה.

(1) סמכויות של רשות ניקוז כאמור בחוק הניקוז וההגנה מפני שטפונות, התשי"ח-1957, אך ורק לגבי שטחים של רשות הנחל שהם מחוץ לתחום רשויות הניקוז הקיימות;

(2) סמכויות למניעת זיהום מים לפי סימן א1 לחוק המים, התשי"ט-1959;

(3) סמכויות של רשות מקומית, בענייני תברואה וסילוק מפגעים, כמפורט בפקודת העיריות ובפקודת המועצות המקומיות;

(4) סמכות של רשות רישוי להתנות רשיון בתנאים מיוחדים, כאמור בסעיף 7 לחוק רישוי עסקים, התשכ"ח-1968, בכל הנוגע לעסקים שיש להם או עשויה להיות להם השפעה ניכרת על זיהום הנחל או שיקומו;

(5) סמכות להכין ולהציע למוסדות התכנון תכניות מפורטות, כאמור בסעיף 67 לחוק התכנון והבניה, התשכ"ה-1965, ככל הדרוש לביצוע תפקידיה;

(6) סמכות למנות מפקחים במסגרת הסמכויות המפורטות בסעיף זה בכל הנוגע לביצוע תפקידיה;

(7) סמכות כאמור בסעיף 18(א) לחוק, להטיל, באישור השר ובכפוף להוראות סעיף 30 לחוק יסודות התקציב, התשמ"ה-1985, תשלומי כסף על הרשויות המקומיות שבתחומה ועל התאגידים שנציגיהם הם חבריה או כשירים להיות חבריה, לפי מיכסות שתקבע, למימון תקציבה, למעט הוצאות ניקוז; ובלבד שלא יוטלו על רשות מקומית תשלומי כסף לצורך פיתוח ואחזקה של אתרי קיט ונופש שאינם בתחומה, אלא בהסכמת אותה רשות מקומית.

(5) מן הציבור - שלושה נציגי ציבור כאמור בסעיף 5(5) לחוק;

(6) נציג של הקרן הקיימת לישראל.

(2) רשויות הניקוז הקיימות ימשיכו לפעול בתחומיהן על פי חוק הניקוז וההגנה מפני שטפונות, התשי"ח-1957; רשות הנחל לא תעשה כל מעשה ולא תנקוט כל פעולה לענין פעילותן של רשויות הניקוז כאמור, אלא בתיאום מראש עמן.

(4) הטלת מכסות לפי סעיף 18(א) לחוק;

(5) כל תפקיד או סמכות שהמועצה החליטה במפורש כי יישארו בידיה.

(ג) החלטות המועצה בעניינים המפורטים בסעיף קטן (ב) טעונות אישור השר.

(ב) המועצה תקבע את סדרי עבודתה ועבודת ההנהלה ככל שלא נקבעו בחוק ובצו זה.

ההוראות בעניינים המפורטים בסעיף 27 לחוק, ככל שאינן מפורטות בצו זה, תהיינה כמפורט בחוק איגוד ערים, התשט"ו-1955, ובצו איגודי ערים (הוראות אחידות), התשל"ז-1977, בשינויים המחויבים לפי הענין.

(ב) הסקירה התקציבית והמאזנים שייכללו בדין וחשבון כאמור ייבדקו לפני הגשת הדין וחשבון למועצה, בידי רואה חשבון, כמשמעותו בחוק רואי חשבון, התשט"ו-1955.

(ג) המועצה תדון בדין וחשבון שהוגש לה כאמור, ותעבירנו לשר תוך ששים ימים ממועד הגשתו.