השר יעקב נאמן הגיב לתלונה שהגיש העיתונאי יואב יצחק נגד היועמ"ש בפרשת השופט החשוד שהכה את ילדיו: "העיכוב בטיפול אינה עילה לדין משמעתי. תקלות כאלה קורות מעת לעת"
שר המשפטים פרופ' יעקב נאמן הודיע כי אין כל יסוד להעמיד לדין משמעתי את היועץ המשפטי לממשלה יהודה ויינשטיין, בשל תפקודו בפרשת השופט החשוד שהכה את ילדיו. השר הגיב לתלונתו של העיתונאי יואב יצחק, שבה טען כי יש לפתוח בחקירה נגד ויינשטיין ולהעמידו לדין משמעתי לפי חוק שירות המדינה בגין שורה של עבירות משמעת בפרשה זו.
בתשובת משרד המשפטים לתלונה נכתב כי "נוכח היכרותו הקרובה ורבת השנים את משרד המשפטים על נושאי המשרה הבכירים שבו, בעבר ובהווה, וכמי שמכיר היכרות אישית את עבודתו המסורה והמקצועית ופועלו יוצא הדופן של היועץ המשפטי לממשלה הנוכחי, במהלך שלוש השנים האחרונות בשמירה על שלטון החוק, הוא יכול להרגיע את כלל אזרחי ישראל, כי מוסד היועץ המשפטי לממשלה נתון בידיים המקצועיות, הנאמנות והטובות ביותר".
עוד צוין בתשובה כי משרד המשפטים פרסם את תמצית העובדות בפרשה בהודעותיו, שבהן נכתב כי היועץ המשפטי לממשלה החליט בשלב הראשון שלא לאשר חקירתו של השופט הנילון באזהרה, וכל זאת קודם שייערכו בירורים נוספים מצד המשטרה וגורמי הרווחה לגבי המצב העדכני של מרקם היחסים בין הילדים לאב.
"בטרם ישקול היועץ המשפטי החלטתו בנדון, יש צורך שתובא בפניו התמונה המלאה הרלוונטית לשאלה מהו הנזק שעלול להיגרם למרקם יחסים זה כתוצאה מחקירה פלילית. החלטה זו של היועץ המשפטי לממשלה הינה בגדר סמכותו המלאה של היועץ המשפטי לממשלה וממילא לא מצא השר כל יסוד לפעול במישור המשמעתי נגדו", נכתב בתגובת שר המשפטים. לעניין העיכוב בטיפול בתיק זה נכתב כי "לצערנו, במשרד המטפל בתיקים רבים מאד מדי שנה, תקלות שכאלה קורות מעת לעת".