במערכת בתי המשפט דחו את תוצאות מדד הביורוקרטיה של איגוד לשכות המסחר שקבע כי בתי המשפט הם המוסד הביורוקרטי ביותר ל-2012: "אין מקום להשוואה בין מערכת בתי המשפט ובין משרדי הממשלה"
במערכת בתי המשפט דחו את מסקנות מדד הביורוקרטיה שפרסם איגוד לשכות המסחר, לפיהן בתי המשפט הם המוסד הביורוקרטי והגרוע ביותר למגזר העסקי ב-2012, ואמרו כי ההשוואה למשרדי הממשלה אינה הוגנת, לאור אופי השירות הניתן על ידי בתי המשפט והעומס המוטל על המערכת.
מדד הביורוקרטיה שבוצע על ידי חברת SQ וקבוצת גיאוקרטוגרפיה בדק את איכות השירות וחוויית הלקוח במשרדי הממשלה ובגופים הממשלתיים השונים, והורכב מארבעה קריטריונים: זמינות נציגים, זמן הטיפול בפניה, יחס אישי ואיכות הפתרונות. על פי המדד, התהליך הביורוקרטי ביותר בשנת 2012 הוא פניה או טיפול מול מערכת בתי המשפט, אף כי בהסתכלות שנתית על ציוני המדד, מדובר בשיפור לעומת נתוני 2011.
במערכת בתי המשפט אמרו היום כי "אין מקום להשוואה בין מערכת בתי המשפט ובין משרדי הממשלה, שכן אופי השירות הניתן על ידי מערכת בתי המשפט שונה מזה הניתן על ידי משרדי ממשלה. מערכת בתי המשפט בישראל היא ממערכות המשפט העמוסות ביותר בעולם. המערכת מטפלת בכל רגע נתון בכפול תיקים מהממוצע המקובל בעולם המערבי. בהתאמה, ההשקעה התקציבית לכל תיק היא מהנמוכות בעולם. מערכת בתי המשפט עושה כל מאמץ לתת לבאי בתי המשפט את השירות הטוב ביותר שניתן, והיא עוסקת רבות בייעול תהליכי עבודה ובפיתוח מנגנונים אפקטיביים לניהול ההליך השיפוטי".
