התקבלה עמדת רשות שדות התעופה והשב"כ, שהתנגדו למתן צו על תנאי בטענה שנוכח השינויים הצפויים במערך הבידוק בשנה הבאה, העתירה עודנה מוקדמת
בג"ץ נמנע מלהכריע בעתירת האגודה לזכויות האזרח בישראל, שביקשה צו המורה לרשות שדות התעופה לנמק מדוע לא יבצעו את הבדיקות הביטחוניות לנוסעים בנמלי התעופה על פי קריטריונים שווים, ענייניים ואחידים לכל אזרחי המדינה, ללא קשר ללאום ולמוצא. העתירה הוגשה כבר בשנת 2007.
רשות שדות התעופה והשב"כ השיבו כי צפויים שינויים מרחיקי לכת באופן בידוק הנוסעים, כך שיופחת המרכיב הדיפרנציאלי בבידוק, יוקל על הנוסעים ותצומצם הפגיעה ברגשות הכרוכה בהליך הבידוק הנוכחי. נוכח השינויים הצפויים, נטען כי העתירה כבר אינה אקטואלית ככל שהיא עוסקת בדרכי הבידוק הקודמות, והיא עודנה מוקדמת בכל הנוגע למתכונת הבידוק העתידית.
לפי השיטה המתוכננת, הנוסעים ימסרו את כבודת הבטן שלהם מיד עם הגעתם לנתב"ג ולאחר תשאול קצר יעברו לשלב הרישום לטיסה. הכבודה תיבדק באמצעות הטכנולוגיה החדשה ברמות בידוק שונות ותועבר ישירות לבטן המטוס. כך נטען כי על-פי שיטת הבידוק החדשה לא יתבצע בידוק ביטחוני פומבי כלשהו של הנוסע או של כבודתו באולם הנוסעים בנתב"ג עד לאחר שלב הרישום לטיסה והנוסע אף לא יעוכב לאחר כניסתו לטרמינל בדרכו לשלב הרישום לטיסה. לטענת המשיבים, שיטת הבידוק החדשה תביא לביטול אי-הנוחות ותחושת ההשפלה הכרוכות בבידוק מחמיר של כבודת הנוסע באולם הנוסעים ובעיכוב הנוסע בשל עריכת בידוק כאמור.
האגודה לזכויות האזרח התנגדה לעיכוב בבירור הטענות העקרוניות המועלות על ידה, ובכלל זה בשאלה האם שיטת המשפט הישראלית מכירה בחוקיות פעולה דיפרנציאלית של המדינה המפלה בין קבוצות מקרב אזרחיה שלה לפי הערכות כלליות בדבר רמת הסיכון בכוח הנשקפת מקבוצות אלה. עוד הוסיפה האגודה, כי גם לפי השיטה המתוכננת לא ייושם עקרון השוויון בהליך הבידוק.
נוכח האפשרות שיחולו שינויים משמעותיים בשיטות הבידוק בנתב"ג, החליט בג"ץ שטרם בשלה העת להכריע סופית בעתירה. "מטעם זה איננו דנים לעת הזו בקריטריונים הלגיטימיים לקביעת פרופילי סיכון המצריכים בדיקה ביטחונית מחמירה... יחד עם זאת, חשוב להבהיר כי איננו נוקטים עמדה כלשהי באשר לחוקיות השימוש ברמות שונות של בידוק ביטחוני, וזאת אף אם ייושמו במהלך 2013 כל השינויים עליהם הצהירו המשיבים", קבעו שופטי בג"ץ. (בג"ץ 4797/07)